Les Instituts de recherche ont pour objectif de développer l'étude scientifique des auteurs et thématiques qui font l'identité de l'Institut Catholique de Paris.

Institut d'Etudes Augustiennes (IEA)

L'Institut d'Etudes Augustiniennes (IEA) a pour objectif principal l'étude de Saint Augustin et de l'augustinisme.

Institut d'Etudes Médiévales (IEM)

L'Institut d'Etudes Médiévales (IEM) a pour mission de favoriser la recherche sur le Moyen Âge, en lien, d'une part, avec l'Antiquité tardive, et d'autre part, avec la Renaissance et l'Âge classique.

Institut Français d'Etudes Byzantines (IFEB)

L’Institut Français d’Etudes Byzantines (IFEB) est dédié à la recherche dans le domaine des études byzantines et post-byzantines : histoire et civilisation de Byzance ; église orthodoxe et théologie ; Grèce moderne et sud-est européen.

Institut d'Histoire des Missions (IHM)

L'Institut d'Histoire des Missions (IHM) se donne pour objectif de développer un réseau de recherche universitaire, international, interdisciplinaire et œcuménique autour du fait missionnaire chrétien et d'en faire progresser l'intelligence.