Plusieurs doctorats sont proposés à l’ICP dans de nombreuses disciplines. Ils sont obtenus selon différentes modalités :
 
  1. Les doctorats canoniques en théologie, en droit canonique, en philosophie et en sciences sociales et économiques, délivrés au nom du Saint-Siège.
  2. L’ICP peut également préparer – en codirection avec un professeur d’une université publique – des doctorants en Lettres, Histoire, Histoire de l’art et Sciences de l’éducation. Il suffit au doctorant de solliciter un enseignant de l’ICP et un enseignant de la même discipline dans l’université publique de son choix à qui revient la délivrance du diplôme.
  3. Par ailleurs, une convention lie l’ICP et l’Université de Lorraine (UL) qui facilite la mise en place d’une codirection pour des doctorants de l’UL désireux d’obtenir un doctorat canonique en théologie de l’ICP, mais également à des doctorants de l’ICP (inscrits à l’Unité de recherche « Religion, Culture et Société » - EA 7403) souhaitant obtenir un doctorat de l’UL rattaché à l’Ecole doctorale Humanités Nouvelles – Fernand-Braudel (ED 411).
  4. Le doctorat Développement intégral de la personne, Communauté éducative, Bien commun, est délivré par l'Institut Catholique de Paris. Préparé au sein de la Faculté d’Éducation et de Formation de l'IC, son niveau est reconnu en vertu de l'Accord entre la République française et le Saint-Siège sur la reconnaissance des grades et diplômes dans l'Enseignement supérieur.