Le 2nd Cycle THEOLOGICUM prépare au Master de Recherche en Théologie (Licence canonique de Théologie).
Cette formation permet une qualification dans les domaines suivants :
- Anthropologie chrétienne
- Écriture sainte (en collaboration avec l'Ecole Biblique et Archéologique Française de Jérusalem)
- Histoire de l'Église
- Parcours général en théologie
- Théologie dogmatique et fondamentale
- Théologie de la formation aux ministères ordonnés (en collaboration avec l'IFEC)
- Théologie médiévale (en collaboration avec le Centre d'études du Saulchoir)
- Théologie morale
- Théologie patristique
- Théologie de la spiritualité (en collaboration avec le Centre d'études du Saulchoir)